色谱柱可分正相模式色谱柱、反相模式色谱柱和亲水模式柱：

正相模式色谱柱：采用极性固定相（如乙二醇、氨基与腈基等键合相）；常用于分离中等极性和极性较强的化合物（如酚类、胺类、羰基类及氨基酸类等）。

反相模式色谱柱：一般用非极性固定相，以硅胶为基质键合不同的基团（如Ｃ１８、Ｃ８）；适用于分离非极性和极性较弱的化合物。反相色谱（ＲＰＣ）在现代液相色谱中应用最多，据统计它占整个ＨＰＬＣ应用的８０％左右。由于超临界色谱的崛起，一些过去用正相色谱的实验逐渐被超临界色谱所代替，所以反相色谱柱的应用将会更加广泛。随着色谱柱填料的快速发展，某些无机样品或易解离样品的分析也可用反相色谱法。为控制样品在分析过程的解离，常用缓冲盐控制流动相的ｐＨ 值。硅胶基质键合相（Ｃ８和Ｃ１８）色谱柱使用的ｐＨ 值通常为２．５～７．５（２～８），太高的ｐＨ 值会使硅胶溶解，太低的ｐＨ 值会使键合的烷基脱落。近年来技术的更新，利用包被、空间位阻、杂化颗粒等新技术，已经可以使硅胶基质的色谱柱使用范围扩大到ｐＨ 为１～１２，流动相为较强酸性或碱性时，可选择宽ｐＨ 值的色谱柱。

亲水（ＨＩＬＩＣ）模式：ＨＩＬＩＣ不同于反相色谱技术，流动相为反相色谱的流动相，它提供了相对于反相的互补选择性，通常可保留传统反相色谱方法无法保留的高极性化合物。需要注意的是ＨＩＬＩＣ模式中硅胶基质无键合相的色谱柱，流动相ｐＨ 适用范围。

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