高效液相色谱仪主要有3类：正相高效液相色谱仪、反相高效液相色谱仪和超高效液相色谱仪。

正相高效液相色谱仪使用非极性溶剂作为流动相，硅胶颗粒作为固定相。在常规高效液相色谱仪中，与非极性化合物相比，极性化合物在固定相中会更长时间地粘附在极性有机硅上。因此，非极性化合物在正常高效液相色谱仪中的洗脱速度更快。孔径一般在3微米左右。

反相高效液相色谱仪是最常见的高效液相色谱仪类型。在反相高效液相色谱仪中，固定相被烃链（通常长8-18个碳）改性，导致色谱柱变为非极性。也使用极性溶剂。在反相高效液相色谱仪中，样品中的极性分子会与溶剂产生强烈的吸引力，从而使它们更快地洗脱。它们也不会与非极性固定相相互作用。非极性化合物会与固定相产生范德华力和分散相互作用，因此它们的洗脱速度较慢。

与高效液相色谱仪相比，超高效液相色谱仪运行速度更快、使用的溶剂更少且分辨率更高。色谱柱也更小，固定相颗粒的尺寸要小得多。较小的孔（亚2微米）促进了分子更好的分离和分辨率。较短的色谱柱还可以进行快速检测。然而，超高效液相色谱仪 不能用于干燥或未过滤的样品，因为较小的孔会堵塞，这是一个昂贵且耗时的修复过程。

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