根据实验的应用领域不同，来选择不同级别的水质，再针对不同的对水的要求，选择与应用要求相符合的纯水机。通常要考虑到以下几个因素：

1． 水质监控手段

一台高品质的纯水机必须包括实时在线的离子水平监测（电阻率检测仪）和连续在线的有机物污染监测（TOC检测仪）。传统的纯水机只有电阻率检测仪，是通过监测液体溶液中离子在阴阳电极间的移动情况来反映水的纯度，测定结果与离子浓度、电荷数及离子流动性有关，是一个很好的指示水纯度的参数。超纯水在25℃时的理论电阻率为18.2 MΩ.cm。

但是，仅仅以18.2 MΩ.cm（25℃）的电阻率读数作为衡量超纯水的指标是远远不够的，因为很多有机物分子并不以离子形式存在，所以不会影响到电阻率的测定，造成的结果是电阻率的读数良好时，水中可能仍然存在有机物的污染。同样，检测到TOC的值只能说明水中有机物的含量的多少，并不能指示水中阴、阳离子的浓度。所以必须把两者结合起来，选择同时带有电阻率检测仪和TOC检测仪的纯水器，才能确保更高质量的超纯水。

2． 微生物的污染

微生物污染是最常被忽略的一个问题，微生物污染一旦出现，将会迅速遍及到整个纯水系统，并且逐渐形成菌膜，很难去除。它们不断向水中释放有机物和离子，使用这样的水，会导致进行离子色谱和高效液相分析时出现鬼峰。

微生物是一种颗粒物质，会在液相色谱分析时导致柱子回压升高，在做ICP-MS检测实验时会破坏ICP喷雾器。微生物还会释放一定数量的大分子，比如酶（核酸酶、碱性磷酸酶等）和内毒素。核酸酶的存在对有关DNA和RNA的分子生物学实验是非常不利的，微生物释放出的碱性核酸酶也会在酶免疫检测中造成假阳性的结果。内毒素会活化细胞产生信号传递物质并且抑制酶活性。

为了防止微生物的污染，我们应该选择无死体积、采用循环管路、带有无菌溢流口、空气过滤器和紫外灭菌的水箱（如Millipore的Tank），可以最大程度的抑制微生物在系统内的生长和增殖。

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