生物显微镜主要应用于医疗卫生单位、高等院校、研究所等地方，用于微生物、细胞、细菌、组织培养、悬浮体、沉淀物等的观察，可连续观察细胞、细菌等在培养液中繁殖分裂的过程等。在细胞学、寄生虫学、肿瘤学、免疫学、遗传工程学、工业微生物学、植物学等领域中应用广泛。

下面细分一下生物显微镜在不同领域的应用：

1、高等院校
生物显微镜在高等院校常用于医学院，药学院，生命科学学院等与生物相关的交叉专业

生物显微镜在研究所常用于生命科学类研究所，其中包括血液研究所，海水淡化所，工业微生物所等